Nếu, ví dụ, R t {\displaystyle R_{t}} nói chung là âm vào cuối dự án (chẳng hạn, một dự án công nghiệp hoặc khai thác có thể có các chi phí làm sạch và phục hồi), thì lúc đó giai đoạn công ty nợ tiền, do đó, tỷ lệ chiết khấu cao là không thận trọng mà là quá lạc quan. Một số người coi đây là một vấn đề với NPV. Một cách để tránh vấn đề này là bao gồm cung cấp rõ ràng để tài trợ cho bất kỳ tổn thất nào sau đầu tư ban đầu, có nghĩa là, tính toán một cách rõ ràng chi phí tài chính chẳng hạn như các thua lỗ.
Một cái bẫy phổ biến khác là điều chỉnh rủi ro bằng cách thêm phí bảo hiểm cho các tỷ lệ chiết khấu. Trong khi một ngân hàng có thể tính lãi suất cao hơn cho một dự án mạo hiểm, đó không có nghĩa rằng đây là một cách tiếp cận hợp lệ để điều chỉnh giá trị hiện tại thuần đối với rủi ro, mặc dù nó có thể là một xấp xỉ hợp lý trong một số trường hợp cụ thể. Một lý do một cách tiếp cận như vậy không thể làm việc tốt có thể được nhìn thấy từ sau đây: nếu một số rủi ro phát sinh dẫn đến một số thiệt hại, thì một tỷ lệ chiết khấu trong NPV sẽ làm giảm tác động của thua lỗ này thấp hơn chi phí tài chính thực sự của chúng. Một cách tiếp cận chặt chẽ rủi ro đòi hỏi phải xác định và đánh giá rủi ro một cách rõ ràng, ví dụ bằng cách tính toán bảo hiểm hoặc kỹ thuật Monte Carlo, và bằng cách tính toán rõ ràng chi phí tài chính cho bất kỳ thua lỗ nào phát sinh.
Tuy nhiên, một vấn đề khác có thể kết quả từ việc ghép phí bảo hiểm rủi ro. R là một hỗn hợp của tỷ lệ phi rủi ro và phí bảo hiểm rủi ro. Kết quả là, dòng tiền trong tương lai được chiết khấu theo cả hai tỷ lệ phi rủi ro cũng như phí bảo hiểm rủi ro và hiệu ứng này là phức tạp bởi mỗi dòng tiền tiếp theo. Điều này dẫn đến các kết quả phức hợp là NPV thấp hơn nhiều so với có thể được nếu tính toán cách khác. Mô hình Tương đương chắc chắn có thể được sử dụng vào tài khoản phí bảo hiểm rủi ro mà không làm phức tạp ảnh hưởng của nó trên giá trị hiện tại.
Một vấn đề khác dựa trên NPV là nó không cung cấp một bức tranh tổng thể về được hoặc mất khi thực hiện một dự án nào đó. Để xem tỷ lệ phần trăm tăng so với đầu tư cho dự án, thông thường, tỷ lệ hoàn vốn nội bộ hoặc các đo lường hiệu quả khác được sử dụng như là một bổ sung cho NPV.
Người sử dụng không phải chuyên gia thường gặp lỗi khi tính NPV dựa trên dòng tiền sau lãi. Điều này là sai lầm bởi vì nó tăng gấp đôi số lượng giá trị thời gian của tiền. Dòng tiền tự do nên được sử dụng làm cơ sở cho tính toán NPV.
